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沉水植物通常沉水时间较长，只有在开花时，花茎、花朵才会露出水面，如金鱼藻、狸藻、眼子菜、狐尾藻、苦菜、黑藻等。
沉水植物在维持湖泊水体稳定中起着重要作用。随着沉水植物的消失，湖泊会由清水状态变为浑浊状态，这称为稳态转变。通过沉水植物的恢复，使湖泊由浑浊状态变为清澈状态，是湖泊生态恢复的一项重要任务。一般来说，内稳性低的沉水植物可被视为水生态恢复的先驱物种。
沉水植物为水生动物提供了更多的生存栖息地和隐蔽场所，增加水中溶解氧，净化水质，扩大水生动物的有效生存空间。同时，沉水植物的幼嫩部分可以被水生动物喂养，从而改善整个水生生态系统。
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